Les logiciels de comptabilité en ligne ont pris une place centrale dans la gestion financière des entreprises en 2025. Grâce à la montée en puissance des solutions de comptabilité SaaS, des outils comme Sage Intacct, EBP ou encore Pennylane s’imposent comme des références pour les TPE, PME et indépendants.
Accessibles depuis n’importe où, simples à déployer et souvent plus flexibles que les logiciels traditionnels, ces plateformes en ligne offrent une alternative efficace pour automatiser la saisie comptable, suivre sa trésorerie en temps réel et collaborer facilement avec son expert-comptable.
Mais face à la multitude d’options disponibles, comment choisir le bon outil ? Pour vous aider à y voir plus clair, voici notre sélection des meilleurs logiciels de comptabilité en ligne en 2025, adaptés à tous les profils d’entreprise.
Sage Intacct, l’ERP financier Cloud ultra-performant pour ETI et grandes PME
Sage Intacct est une solution de comptabilité cloud haut de gamme, idéale pour les entreprises de taille moyenne à grande. Il offre des fonctionnalités complètes de gestion financière, y compris la comptabilité de base, la gestion des actifs, la facturation, et le reporting financier.
👥 Pour qui ?
- Destiné aux entreprises de taille moyenne à grande cherchant un ERP financier SaaS puissant et personnalisable.
🛠️ Fonctionnalités principales
- Automatisation des écritures comptables
- Gestion des factures clients et fournisseurs
- Rapprochement bancaire automatique
- Reporting financier avancé
Ces fonctionnalités permettent une gestion comptable fluide, rapide et adaptée aux besoins quotidiens des entreprises.
✅ Avantages
- Sage Intacct s’intègre facilement à des outils métiers comme Salesforce, facilitant la synchronisation des données entre services.
- Son interface intuitive et moderne offre une navigation fluide qui améliore la productivité des équipes comptables.
- Grâce à ses capacités de reporting avancé, vous bénéficiez d’analyses financières détaillées en temps réel et par dimension.
- Hébergée dans le Cloud, la solution assure une sécurité renforcée et une évolutivité adaptée aux entreprises en croissance.
✨ Élément différenciant
Une gamme d’offres adaptée et des fonctionnalités riches idéales pour structurer la gestion financière d’une PME dans un environnement de comptabilité cloud.
Pennylane, la solution de comptabilité Cloud des PME
Pennylane rassemble tous les outils et toutes les intégrations nécessaires pour gérer l’ensemble de vos dépenses, votre facturation, votre trésorerie ainsi que votre comptabilité.
👥 Pour qui ?
- Adapté aux TPE, PME et start-ups qui cherchent un outil tout-en-un pour centraliser leur gestion financière.
🛠️ Fonctionnalités principales
- Facturation des clients et fournisseurs
- Pilotage de votre trésorerie en quelques clics
- Conforme à la réforme de la facture électronique
- Gestion globale de votre comptabilité d'entreprise
Pennylane est un logiciel de comptabilité en ligne français, innovant et sans engagement, conçu pour simplifier la gestion financière des entreprises et les préparer aux enjeux de demain.
✅ Avantages
- Que vous soyez dirigeant, DAF ou expert-comptable, l’interface est conçue pour être claire et intuitive. Elle permet une gestion fluide, sans jargon ni surcharge fonctionnelle.
- Toutes vos opérations — facturation, paiements, TVA, trésorerie — sont réunies sur une seule plateforme. Cela facilite le pilotage de votre activité au quotidien.
- Les flux bancaires sont synchronisés en temps réel, et les données sont automatiquement rapprochées avec vos factures. Moins de saisie, plus de fiabilité.
- L’outil permet de partager facilement les documents, les écritures et les commentaires. La communication devient plus fluide et les délais sont réduits.
✨ Élément différenciant
Un logiciel SaaS français en constante évolution, prêt pour les réformes fiscales et la digitalisation comptable.
EBP comptabilité : le logiciel de gestion comptable pour les TPE
EBP comptabilité est une solution de comptabilité en ligne adaptée aux petites et moyennes entreprises, connue pour sa simplicité et son efficacité. La solution spécifiquement dédiée à la comptabilité des TPE.
👥 Pour qui ?
- Les TPE et petites structures qui ont besoin d’un logiciel simple mais complet pour gérer leur comptabilité en interne.
🛠️ Fonctionnalités principales
- Automatisation des écritures comptables
- Gestion des factures et des paiements
- Réconciliation bancaire
- Outils de reporting financier
L’un des principaux avantages d’EBP Comptabilité est un logiciel de gestion financière, sa capacité à automatiser de nombreuses tâches comptables, réduisant ainsi les erreurs et le temps nécessaire pour maintenir des comptes précis.
✅ Avantages
- Les écritures comptables, les rapprochements et les déclarations fiscales sont gérés automatiquement. Vous gagnez un temps précieux et limitez les erreurs.
- EBP permet de configurer vos journaux, modèles et plans comptables selon votre activité. Un vrai plus pour les structures avec des besoins spécifiques.
- Grâce à des outils de visualisation simples, vous gardez toujours un œil sur vos encaissements, vos dépenses et votre solde bancaire.
- La solution est constamment mise à jour selon les dernières normes comptables françaises, vous garantissant une sérénité fiscale.
✨ Élément différenciant
Un bon compromis entre prix et fonctionnalités pour les entrepreneurs qui veulent maîtriser leur trésorerie sans se compliquer la vie.
IPaidThat, la plateforme de pré-comptabilité automatisée pour TPE et PME modernes
Intuit QuickBooks est très populaire parmi les petites entreprises pour sa simplicité d’utilisation et ses fonctionnalités robustes.
👥 Pour qui ?
- IPaidThat s'adresse aux petites et moyennes entreprises souhaitant centraliser et automatiser leur gestion comptable et financière.
🛠️ Fonctionnalités principales
- Suivi des ventes et des dépenses
- Facturation et gestion des paiements
- Réconciliation bancaire automatisée
- Reporting financier en temps réel
Ce logiciel de gestion comptable en ligne possède de nombreux avantages : ergonomique, intuitif, tableaux de bord complets, nombre d’utilisateurs illimité et plus de 160 devises.
✅ Avantages
- Le logiciel récupère vos factures automatiquement (email, fournisseurs, plateformes), les classe et les prépare pour votre expert-comptable. Fini la saisie manuelle.
- Même sans connaissances comptables, vous pouvez suivre vos dépenses, votre trésorerie et vos paiements en quelques clics.
- Plus de 300 connexions disponibles vous permettent d’intégrer l’outil à vos banques et logiciels métiers.
- Visualisez immédiatement vos soldes, vos factures à venir ou vos charges récurrentes. Vous prenez de meilleures décisions, plus rapidement.
✨ Élément différenciant
Une solution comptable et financière complète qui automatise la pré-comptabilité, idéale pour maîtriser votre trésorerie sans effort.
Focus sur la norme comptable ANC
L’entrée en vigueur, le 1er janvier 2025, du règlement de modernisation des états financiers va imposer aux entreprises françaises de nombreuses modifications dans la présentation de leurs comptes.
Cette évolution vise à simplifier et clarifier les normes comptables, en améliorant transparence et fiabilité ! Découvrez les objectifs et les avantages de cette réforme dans notre article dédié.
Itool : le logiciel 100% cloud pour une comptabilité accessible partout et à tout moment
iTool est une solution en ligne qui convient particulièrement aux PME recherchant une solution simple et efficace.
👥 Pour qui ?
- Petites et moyennes entreprises souhaitant un outil de comptabilité cloud simple, et sans fioritures.
🛠️ Fonctionnalités principales
- Logiciels comptables pour TPE sont très répandus sur le marché. Ils sont particulièrement adaptés aux structures qui ne gèrent que la tenue de leur comptabilité.
- logiciels comptables pour PME assurent la gestion de toute la comptabilité en interne.
Il offre des fonctionnalités complètes de gestion comptable, y compris la saisie des écritures, la gestion des comptes clients et fournisseurs, et la génération des états financiers. iTool propose également des outils de gestion de trésorerie et de reporting avancé.
✅ Avantages
- iTool vous permet d’accéder à votre comptabilité en ligne à tout moment, depuis n’importe quel appareil.
- La solution couvre l'ensemble des opérations comptables, de la saisie aux états financiers.
- Elle s’adresse aux PME recherchant un outil simple, efficace et sans complexité technique. Modulable, iTool évolue avec votre entreprise grâce à une offre adaptée à chaque étape de croissance.
✨ Élément différenciant
Une solution 100% cloud pensée pour une gestion simple et mobile de la comptabilité.
CEGID Quadra Entreprise : Une solution pour une comptabilité efficace et conforme aux obligations légales
CEGID Quadra Entreprise est bien plus qu’un simple logiciel de comptabilité en ligne ; il s’agit d’un ERP modulaire complet, conçu pour accompagner les TPE et PME dans la gestion globale de leur activité.
👥 Pour qui ?
- Les TPE et PME souhaitant un ERP avec une forte composante comptable et légale.
🛠️ Fonctionnalités principales
- Saisie automatisée
- Comptabilité analytique
- Facturation, gestion budgétaire automatisée
Il offre des fonctionnalités complètes de gestion comptable, y compris la saisie des écritures, la gestion des comptes clients et fournisseurs, et la génération des états financiers. Degid Quadra Entreprise propose également des outils de gestion de trésorerie et de reporting avancé.
✅ Avantages
- Automatisation de la saisie comptable : réduction des tâches répétitives et gain de temps grâce à l’importation automatique des écritures comptables.
- Accès dédié pour votre expert-comptable : facilitation des échanges et collaboration en temps réel avec votre comptable pour un suivi précis de vos finances.
- Analyse approfondie des performances financières pour un pilotage efficace de votre activité.
- Génération et gestion simplifiée des devis et factures, avec suivi des paiements et relances automatiques.
✨ Élément différenciant
Un ERP français ultra complet qui permet de maîtriser votre trésorerie tout en assurant la conformité légale.
Indy : La comptabilité automatisée et simplifiée, pensée pour les indépendants
CEGID Quadra Entreprise est bien plus qu’un simple logiciel de comptabilité en ligne ; il s’agit d’un ERP modulaire complet, conçu pour accompagner les TPE et PME dans la gestion globale de leur activité.
👥 Pour qui ?
- Indépendants, freelances et professions libérales sans formation comptable.
🛠️ Fonctionnalités principales
- Facturation simplifiée et 100% conforme
- Synchronisation bancaire rapide
- Déclarations fiscales facilitées et automatisées
Grâce à ces outils, Indy automatise une grande partie de la comptabilité, permettant aux indépendants de gérer leurs finances sans avoir besoin de connaissances comptables avancées.
✅ Avantages
- Facturation : création et gestion des devis et factures en toute simplicité, avec suivi des paiements et relances intégrées.
- Synchronisation bancaire : import automatique des transactions pour un gain de temps et une comptabilité toujours à jour.
- Catégorisation intelligente des transactions : affectation automatique des dépenses et recettes aux bonnes catégories comptables.
- Déclarations fiscales : assistance dans la génération et l’envoi des déclarations fiscales obligatoires (TVA, impôts, URSSAF, etc.).
- Gestion des notes de frais : suivi et archivage des justificatifs pour un contrôle précis des dépenses professionnelles.
✨ Élément différenciant
Une solution comptable et financière complète pensée pour les indépendants, avec automatisations poussées et peu de paramétrages requis.
iPaidThat, la plateforme de pré-comptabilité automatisée pour PME dynamiques
Si vous êtes une TPE ou une PME à la recherche d’un logiciel cloud performant et automatisé pour gérer votre comptabilité et votre trésorerie, iPaidThat est une solution à envisager.
👥 Pour qui ?
- TPE et PME souhaitant automatiser la collecte de factures et le suivi trésorerie.
🛠️ Fonctionnalités principales
- Ce logiciel ne se limite pas au traitement de la pré-comptabilité : il intègre également des fonctionnalités avancées pour optimiser la gestion financière de votre entreprise.
- Extraction automatique des factures
- Suivi de trésorerie optimisée et suivi/gestion des notes de frais en 1 clic
✅ Avantages
- Automatisation de la saisie comptable : réduction des tâches manuelles grâce à l’extraction automatique des factures et des transactions.
- Synchronisation et rapprochement bancaire : connexion sécurisée avec vos comptes bancaires pour un suivi en temps réel et un rapprochement automatique des flux financiers.
- Suivi et prévisionnel de trésorerie : visualisation claire de votre trésorerie et projections financières pour anticiper vos besoins.
- Gestion des notes de frais : dématérialisation et simplification du suivi des dépenses professionnelles.
✨ Élément différenciant
Un assistant digital de la pré-compta pour les entreprises qui veulent maîtriser leur trésorerie efficacement.
MaCompta.fr : Une solution en ligne intuitive pour une gestion comptable en toute simplicité
Si vous recherchez un logiciel comptable en ligne intuitif, abordable et efficace, MaCompta.fr est une option idéale. Conçu pour répondre aux besoins des autoentrepreneurs, des TPE et des petites PME, cet outil offre toutes les fonctionnalités essentielles pour gérer simplement la comptabilité, sans nécessiter de compétences avancées.
👥 Pour qui ?
- Auto-entrepreneurs, artisans, petites PME recherchant un outil simple, fonctionnel et sans prise de tête.
🛠️ Fonctionnalités principales
- Une prise en main rapide et intuitive : conçu pour les entrepreneurs sans expertise comptable, le logiciel offre une interface claire et intuitive, facilitant son utilisation au quotidien.
- Des tarifs compétitifs : une solution abordable, idéale même pour les petites structures avec un budget limité.
En plus des fonctions comptables, le logiciel de comptabilité SaaS propose également des modules de gestion complémentaires, tels que la facturation et la paie, pour offrir une solution polyvalente et évolutive.
✅ Avantages
- Saisie comptable intuitive : enregistrement des écritures comptables de manière simplifiée, avec une ergonomie pensée pour les non-experts.
- Connexion bancaire avec enregistrement automatique : synchronisation avec vos comptes bancaires pour un rapprochement automatique des transactions et une mise à jour en temps réel.
- Facturation intégrée : création et gestion des devis et factures, avec suivi des paiements et relances automatisées.
- Édition du bilan et du compte de résultat : génération rapide des documents comptables obligatoires pour un suivi précis de votre situation financière.
✨ Élément différenciant
Un outil tout-en-un fait pour les entrepreneurs non comptables qui veulent tout gérer eux-mêmes tout en maîtrisant leur trésorerie.
Sinao : Un logiciel de comptabilité et de facturation conçu pour les TPE et indépendants
Sinao est un logiciel de comptabilité et de gestion d’entreprise conçu pour les petites structures souhaitant piloter leur activité en toute simplicité. Grâce à son interface intuitive et conviviale, il permet aux entrepreneurs sans expertise comptable de gérer efficacement leurs finances sans difficulté.
👥 Pour qui ?
- TPE et indépendants souhaitant centraliser comptabilité et facturation dans un outil unique.
🛠️ Fonctionnalités principales
- Facturation & devis : créez vos documents commerciaux en quelques clics, avec suivi des paiements intégré.
- Suivi des dépenses : catégorisez automatiquement vos achats pour mieux visualiser vos charges.
- Tableaux de bord : obtenez une vue synthétique de vos finances pour un pilotage éclairé.
✅ Avantages
- Export comptable FEC : génération du fichier d’écriture comptable conforme aux exigences légales, facilitant les déclarations fiscales.
- Accès dédié pour l’expert-comptable : simplification des échanges et collaboration fluide avec le cabinet comptable.
- Facturation et suivi des dépenses : création de devis et factures, gestion des paiements et suivi des dépenses en un seul outil.
- Tableaux de bord intelligents : visualisation des performances financières et indicateurs clés pour un pilotage efficace de l’entreprise.
✨ Élément différenciant
Un outil tout-en-un pour les entrepreneurs qui veulent tout piloter simplement, sans formation technique, dans un cadre de comptabilité SaaS moderne.
Notre comparatif des meilleurs logiciels de comptabilité en ligne pour 2025
| Logiciel | Interface utilisateur | Intégration avec d'autres logiciels | Hébergement |
|---|---|---|---|
| Sage Intacct | Moderne et intuitive | Microsoft Power BI, Salesforce, Sage X3, outils bancaires | Cloud (SaaS) |
| Pennylane | Conviviale et intuitive | Sage 100, Sellsy, Microsoft Power BI, outils bancaires | Cloud sécurisé |
| EBP Comptabilité | Simple et efficace | Sage 100, Office 365, outils de paie, logiciels bancaires | En ligne (Cloud) |
| IPaidThat | Ergonomique et intuitive | Microsoft Teams, QuickBooks, Lucca, Dropbox, Google Drive | Cloud |
| iTool | Interface claire et simple | Sage 50, Office 365, banques en ligne, solutions EDI | 100% Cloud |
| CEGID Quadra Entreprise | Professionnelle, orientée ERP | Microsoft 365, Sage 100, Paie CEGID, outils RH | Cloud ou local |
| Indy | Très intuitive, pensée pour les non-comptables | Banques en ligne, URSSAF, impots.gouv.fr, Sage Démat | Cloud |
| MaCompta.fr | Simple et intuitive | Banques, modules de paie, experts-comptables partenaires | En ligne (Cloud) |
| Sinao | Intuitive et conviviale | Expert-comptable, export FEC, banques, Sage 50 | Cloud sécurisé |
