En 2025, la gestion comptable des PME passe à la vitesse supérieure grâce à des logiciels toujours plus performants, automatisés et accessibles en ligne. Finis les tableurs complexes : les dirigeants d’entreprise recherchent des outils intuitifs pour gagner du temps, suivre leur trésorerie en temps réel, gérer leurs factures et rester en conformité avec la législation.
👉 Pour vous aider à choisir la solution la plus adaptée à votre activité, voici notre sélection des 10 meilleurs logiciels de comptabilité pour PME en 2025. Ce classement est basé sur la simplicité d’usage, les fonctionnalités clés (automatisation de la gestion comptable, synchronisation bancaire, tableaux de bord…), le support client et le rapport qualité-prix.
Guide comptable 2025
- Les clés pour une gestion financière optimale
- Focus sur les normes réglementaires et nos bonnes pratiques
- Automatisez votre gestion comptable et suivez les bons indicateurs
Les 10 meilleurs logiciels de comptabilité pour les PME en 2025
Avec une multitude de solutions disponibles, il peut être difficile de savoir quel logiciel de comptabilité choisir. Voici une sélection des 10 meilleurs logiciels comptables pour PME en 2024, chacun offrant des fonctionnalités spécifiques adaptées à différents types d’entreprises.
Sage 100 Comptabilité, une solution fiable pour les PME
Sage 100 Comptabilité est l’une des solutions les plus populaires pour les PME en France. Elle propose une gestion complète des opérations comptables et fiscales, avec des fonctionnalités avancées adaptées aux entreprises ayant des besoins de gestion plus complexes.
Avantages de Sage 100 pour les PME
Sage 100 Comptabilité est un logiciel comptable incontournable pour les PME françaises, offrant une gestion complète et conforme aux réglementations.
- Solution éprouvée avec une longue présence sur le marché.
- Conforme aux normes comptables françaises et européennes.
- Support multi-utilisateurs pour un accès partagé par plusieurs collaborateurs.
- Intégration possible avec d'autres modules Sage pour une gestion complète de l'entreprise.
Sage 100 est une solution fiable et adaptée aux PME cherchant une gestion comptable et financière professionnelle et conforme aux réglementations locales.
Fonctionnalités de Sage 100 Comptabilité adaptées aux PME
Sage 100 Comptabilité propose des fonctionnalités avancées pour automatiser la gestion comptable et assurer le suivi des performances financières des PME.
- Gestion des écritures comptables automatisée.
- Gestion des immobilisations, des rapprochements bancaires et des factures.
- Production automatique des déclarations fiscales et TVA.
- Tableau de bord personnalisable pour un suivi en temps réel des performances financières.
Sage 100 offre aux PME des outils robustes pour une comptabilité optimisée, tout en garantissant la conformité fiscale.
Sage Intacct – L’ERP financier cloud nouvelle génération
Sage Intacct est une solution de gestion financière de pointe, conçue pour offrir aux entreprises une visibilité accrue et une automatisation des processus pour une prise de décision plus rapide et plus éclairée.
Avantages de Sage Intacct
Sage Intacct est une solution idéale pour les PME et MGE de taille intermédiaire, nécessitant une gestion comptable avancée et personnalisable.
- Visibilité financière en temps réel : Sage Intacct permet de suivre les performances financières et de générer des rapports instantanés grâce à des tableaux de bord personnalisables.
- Automatisation des processus : La solution réduit les tâches manuelles et améliore l'efficacité des équipes comptables grâce à des flux de travail automatisés.
- Conformité et sécurité : Les données sont protégées par des normes de sécurité rigoureuses, garantissant la conformité aux régulations en vigueur.
Sage Intacct est un logiciel comptable pour PME avec des besoins comptables complexes et en croissance internationale.
Fonctionnalités avancées de Sage Intacct
Grâce à des fonctionnalités puissantes et à des outils d’analyse performants, Sage Intacct permet aux entreprises de mieux piloter leurs finances et de simplifier la gestion de leurs opérations.
- Gestion financière multi-entités et multi-devises : Sage Intacct offre des capacités avancées pour gérer plusieurs entités juridiques et différentes devises, facilitant la consolidation financière.
- Automatisation de la comptabilité : Grâce à des flux de travail automatisés, la solution réduit les erreurs humaines et optimise la saisie et le traitement des données comptables.
- Reporting et tableaux de bord personnalisés : Sage Intacct permet de créer des rapports détaillés et dynamiques, ainsi que des tableaux de bord adaptés aux besoins spécifiques de chaque entreprise.
- Gestion des flux de trésorerie et des dépenses : La solution offre une visibilité complète sur la trésorerie et intègre des fonctionnalités de gestion des dépenses pour un contrôle optimisé des finances.
Sage Intacct se positionne comme une solution de gestion financière complète et innovante, répondant aux besoins des entreprises de toutes tailles et industries. Avec ses fonctionnalités avancées, son automatisation comptable, et sa flexibilité, Sage Intacct permet de gagner en efficacité et en visibilité tout en garantissant la conformité et la sécurité des données financières. En choisissant Sage Intacct, les entreprises se dotent d’un véritable levier de croissance et de performance pour optimiser leur gestion financière et soutenir leur développement.
EBP Comptabilité – La solution française intuitive pour TPE
EBP comptabilité est un acteur historique du marché français des logiciels de gestion comptable. Spécialement conçu pour les PME, EBP propose une solution complète qui s’adapte parfaitement à la réglementation française.
Avantages d'EBP Comptabilité pour les PME
- Logiciel conforme à la législation fiscale française
- Service client et support technique basés en France
- Excellente compatibilité avec les autres outils de gestion d’EBP
- Adapté aux besoins des PME en matière de gestion de la TVA, des déclarations fiscales et des immobilisations
Fonctionnalités d'EBP Comptabilité adaptées aux PME françaises
- Suivi comptable automatisé avec gestion de la TVA
- Génération des écritures comptables à partir des factures et paiements
- Déclaration fiscale et TVA conformes aux normes françaises
- Outils de gestion des immobilisations et des amortissements
Pennylane – La comptabilité cloud tout-en-un pour PME
Pennylane est une solution récente qui combine la comptabilité et la gestion financière dans une plateforme unique. Idéale pour les PME cherchant à centraliser leur gestion comptable et financière tout en automatisant les tâches répétitives.
Avantages de Pennylane pour les PME
Pennylane est une solution comptable innovante qui combine gestion financière et comptabilité, idéale pour les PME cherchant à centraliser leurs opérations.
- Plateforme tout-en-un pour la gestion comptable et financière.
- Automatisation poussée des tâches comptables pour un gain de temps considérable.
- Compatible avec les outils de gestion existants, comme les CRM et les logiciels de facturation.
- Interface moderne et intuitive, facile à prendre en main.
Pennylane est une solution moderne et intuitive, parfaite pour les PME cherchant à simplifier leur comptabilité et leur gestion financière. En tant que logiciel de gestion comptable, il permet d’automatiser les tâches répétitives, de centraliser les informations financières et de garantir une gestion optimale des flux financiers, tout en offrant une interface conviviale et des outils puissants pour un suivi précis et efficace.
Fonctionnalités de Pennylane pour la comptabilité des PME
Pennylane offre des fonctionnalités complètes pour automatiser et suivre la comptabilité des PME en temps réel, facilitant les processus de gestion.
- Saisie automatique des factures et gestion des dépenses.
- Suivi en temps réel des flux de trésorerie.
- Rapprochements bancaires automatisés.
- Collaboration facilitée avec les experts-comptables.
QuickBooks – La comptabilité cloud simple et mobile
QuickBooks est un logiciel populaire auprès des PME pour sa simplicité et sa flexibilité. C’est une solution de comptabilité cloud qui permet aux entreprises de gérer leurs finances en ligne, avec une interface intuitive adaptée aux non-comptables.
Avantages de QuickBooks pour les PME
QuickBooks est une solution de comptabilité en ligne reconnue pour sa simplicité d’utilisation, idéale pour les PME cherchant à automatiser leurs processus comptables.
- Solution cloud offrant une grande accessibilité, où que vous soyez.
- Interface conviviale, facile à prendre en main.
- Forte intégration avec de nombreux outils tiers, tels que les CRM ou plateformes e-commerce.
- Excellent support client disponible 24/7.
QuickBooks est une solution flexible et conviviale qui permet aux PME de gérer leur comptabilité avec facilité et en toute mobilité.
Fonctionnalités de QuickBooks pour la gestion comptable
QuickBooks propose des fonctionnalités essentielles pour les PME, leur permettant d’automatiser et de suivre leurs opérations comptables au quotidien.
- Gestion des dépenses, des factures et des devis.
- Suivi des paiements et rapprochements bancaires automatisés.
- Rapports financiers personnalisés en quelques clics.
- Option de gestion multi-devises, utile pour les PME avec des clients internationaux.
Avec QuickBooks, les PME bénéficient d’outils puissants pour gérer leurs finances en ligne et optimiser leur productivité comptable, répondant ainsi aux enjeux des DAF (Directeur Administratif et Financier). Ce logiciel aide les entreprises à relever les défis liés à la gestion financière, en simplifiant les processus comptables et en offrant des informations claires et actualisées pour une meilleure prise de décision stratégique.
Les fonctionnalités de Pennylane permettent aux PME d’optimiser leur gestion comptable tout en automatisant les tâches administratives.
Axonaut – La solution SaaS tout-en-un pour la gestion comptable et commerciale
Axonaut est un logiciel de gestion d’entreprise tout-en-un qui intègre la comptabilité, la gestion commerciale, la facturation et le CRM. C’est une solution idéale pour les PME cherchant à centraliser plusieurs aspects de leur gestion au sein d’un seul outil.
Avantages d'Axonaut pour les PME
Axonaut est un logiciel tout-en-un qui propose une gestion simplifiée de la comptabilité, des factures, et des relations clients, particulièrement adapté aux petites PME.
- Solution tout-en-un, pratique pour gérer à la fois la comptabilité, les ventes et les relations clients
- Interface conviviale et facile à utiliser, même pour les non-comptables.
- Automatisation des tâches répétitives, comme la facturation et le suivi des paiements
- Prix attractif, particulièrement adapté aux petites entreprises.
Axonaut est une solution complète et accessible, idéale pour les PME cherchant à centraliser leurs opérations sans complexité.
Fonctionnalités d'Axonaut pour une gestion simplifiée
Axonaut propose des fonctionnalités clés pour centraliser la comptabilité et la gestion commerciale, permettant aux PME de gagner du temps et de l’efficacité.
- Facturation automatique et suivi des paiements.
- Gestion des notes de frais et rapprochements bancaires
- Suivi des devis, bons de commande et des factures.
- Intégration d’un CRM pour une gestion complète de la relation client.
Axonaut offre une gestion simplifiée avec des outils puissants, adaptés aux petites PME cherchant à automatiser leur comptabilité et leurs ventes. En tant que solution de comptabilité SaaS, Axonaut permet aux entreprises de centraliser leurs données, de gagner en efficacité et de profiter des avantages du cloud pour une gestion moderne et connectée.
Xero – La comptabilité cloud pour les PME en croissance
Xero est un logiciel de comptabilité basé sur le cloud, très populaire à l’international. Il est particulièrement apprécié pour ses fonctionnalités évolutives, son interface simple et ses nombreuses intégrations avec d’autres logiciels.
Avantages de Xero pour les PME
Xero est une solution cloud internationale idéale pour les PME en expansion, avec des fonctionnalités conçues pour faciliter la gestion comptable à l’échelle mondiale.
- Solution internationale, parfaite pour les PME en croissance ou ayant des clients à l'étranger
- Grande flexibilité grâce à son écosystème riche en intégrations
- Accessible depuis n’importe où grâce à sa solution cloud
- Interface moderne et intuitive, même pour les utilisateurs sans expertise comptable
Xero est une solution flexible et puissante, adaptée aux PME internationales cherchant une gestion comptable en temps réel.
Fonctionnalités de Xero pour les PME internationales
Xero propose des fonctionnalités robustes pour les PME qui opèrent à l’international, facilitant la gestion des transactions et des rapports multi-devises.
- Gestion multi-devises avec mise à jour automatique des taux de change
- Rapprochements bancaires automatisés.
- Création et envoi de factures personnalisées.
- Génération automatique des états financiers et des rapports fiscaux
Les fonctionnalités de Xero sont idéales pour les PME en croissance à l’international, offrant une gestion comptable avancée et évolutive.
Indy – La comptabilité en ligne simplifiée pour PME et indépendants
Indy est un logiciel conçu principalement pour les freelances, mais il est également adapté aux petites entreprises. Il offre une solution simple pour la gestion de la comptabilité, tout en intégrant des fonctionnalités pratiques pour la facturation et la gestion de projet. Grâce à son interface conviviale, il permet aux utilisateurs de se concentrer sur leur travail tout en automatisant les tâches administratives essentielles. Ainsi, Indy facilite la digitalisation de la fonction finance, optimisant le quotidien des utilisateurs et améliorant leur productivité.
Avantages d'Indy pour les PME et indépendants
Indy est une solution comptable simple et intuitive, conçue initialement pour les freelances, mais qui convient également aux petites entreprises souhaitant automatiser leur gestion.
- Interface ultra-simplifiée, idéale pour les petites entreprises sans expert-comptable dédié
- Gestion des devis, factures, et projets au sein d'une même interface
- Prix attractif pour les PME et indépendants avec des besoins limités en gestion
- Automatisation de la facturation et du suivi des paiements
Indy est une solution accessible et efficace, particulièrement adaptée aux petites entreprises cherchant à simplifier leur comptabilité.
Fonctionnalités d'Indy pour la gestion comptable des PME
Indy propose des fonctionnalités pratiques pour la gestion quotidienne des finances, aidant les PME et indépendants à automatiser leurs processus comptables.
- Suivi des dépenses et des revenus
- Génération automatique des factures et devis
- Rapprochement bancaire simple
- Outils de gestion de projet intégrés pour les petites entreprises
Les fonctionnalités d’Indy sont idéales pour les petites entreprises cherchant à automatiser leurs tâches comptables avec une solution abordable. En outre, son excellent rapport qualité-prix en fait une option particulièrement attractive pour celles qui recherchent un prix logiciel comptable compétitif sans compromettre sur les fonctionnalités essentielles.
Cegid Quadra – L’ERP comptable modulaire pour PME structurées
Cegid Quadra est une solution ERP complète intégrant la comptabilité, la gestion des finances, et d’autres modules comme la gestion des ressources humaines ou des stocks. Cette solution est particulièrement adaptée aux PME recherchant une approche intégrée de la gestion.
Avantages de Cegid Quadra pour les PME
Lorem ipsum dolor sit amet, consectetur adipiscing elit. Ut elit tellus, luctus nec ullamcorper mattis, pulvinar dapibus leo.
- ERP modulaire qui peut être adapté en fonction des besoins spécifiques de chaque entreprise
- Support pour la gestion multi-sites et multi-devises
- Logiciel 100% conforme aux réglementations fiscales en France
- Outils de reporting avancés pour une vue d’ensemble précise des performances financières
Fonctionnalités de Cegid Quadra adaptées aux PME
Avec Cegid Quadra, les PME bénéficient d’outils puissants pour gérer leurs finances en ligne, optimiser leur productivité comptable, et s’inscrire dans une démarche de fast closing, permettant de réduire les délais de clôture comptable et d’accélérer l’accès aux informations financières clés.
Les fonctionnalités de Pennylane permettent aux PME d’optimiser leur gestion comptable tout en automatisant les tâches administratives. Grâce à son approche innovante, Pennylane soutient également les entreprises dans leurs efforts de fast closing, en centralisant les données et en simplifiant les processus de clôture.
- Comptabilité générale et analytique complète
- Gestion des déclarations fiscales et sociales
- Suivi des factures, des paiements et des rapprochements bancaires
- Outils de gestion des immobilisations et des ressources humaines
🧠 Nos conseils pour bien choisir son logiciel de comptabilité PME en 2025
Le choix d’un logiciel de comptabilité ne doit pas se faire au hasard. Il dépend directement de la structure de votre entreprise, de vos objectifs de croissance et de vos contraintes métiers. Voici 4 critères essentiels pour faire le bon choix en 2025 :
📊 La taille et la complexité de votre PME
Le volume de transactions, le nombre d’utilisateurs, ou encore la complexité de vos opérations comptables influencent directement le choix du bon outil.
- Pour une PME de moins de 10 salariés avec une gestion simplifiée : des solutions comme QuickBooks ou Pennylane sont parfaitement adaptées.
- Pour une PME de 100 à 200 collaborateurs avec plusieurs entités ou filiales : optez pour des solutions plus robustes comme Sage 1000 ou Cegid Quadra.
🔍 Astuce : plus votre activité est structurée, plus il vous faudra un logiciel offrant une comptabilité de gestion avancée.
🏭 Votre secteur d’activité
Chaque secteur a ses particularités. Le bon logiciel de comptabilité doit pouvoir s’adapter à vos processus métiers.
- Entreprise de services : privilégiez les solutions avec gestion des devis, factures et paiements (ex. : Sage 100, EBP).
- Industrie, négoce ou e-commerce : choisissez des logiciels incluant la gestion des stocks, des achats et des commandes (ex. : Axonaut, Sage Intacct).
Certains logiciels de comptabilité de gestion, comme Sage Intacct, Sage 100 comptabilité, offrent une solution tout-en-un intégrant la comptabilité et la gestion commerciale, idéale pour les petites entreprises de service.
🌱 L’évolutivité de la solution
Il est crucial d’anticiper la croissance de votre entreprise. Un bon logiciel doit pouvoir évoluer avec vous.
- Capacité à gérer plus d’utilisateurs
- Modules additionnels : CRM, paie, facturation, etc.
- Architecture cloud ou SaaS, comme celle de Xero ou Sage Intacct, pour activer des fonctionnalités à la demande
🔁 Évitez de devoir changer d’outil dans 2 ans : optez pour une solution scalable dès le départ.
☁️ Le mode de déploiement : cloud ou local
Les solutions de comptabilité cloud (ou SaaS) sont aujourd’hui largement privilégiées par les PME pour leur flexibilité.
- Cloud : accès à distance, mises à jour automatiques, sécurité renforcée (ex. : Pennylane, Xero)
- On-premise (installé localement) : parfois préféré par les entreprises avec des exigences spécifiques de sécurité ou d’intégration SI
💡 Bon à savoir : les logiciels en mode SaaS facilitent l’intégration de modules de comptabilité de gestion, souvent absents des outils d’entrée de gamme.
Notre comparatif des meilleurs logiciels de comptabilité pour 2025
| Logiciel | Cible | Interface utilisateur | Intégration avec d'autres solutions | Hébergement |
|---|---|---|---|---|
| Sage 100 Comptabilité | PME | Interface professionnelle et modulaire | Intégration complète avec d'autres modules Sage (paie, gestion commerciale...) | Serveur local ou cloud |
| Sage Intacct | PME, ETI | Interface cloud moderne avec tableaux de bord personnalisables | API ouverte, intégration possible avec CRM, ERP, logiciels tiers | 100% cloud |
| EBP Comptabilité | TPE | Interface traditionnelle adaptée aux normes françaises | Compatible avec d'autres outils EBP | Serveur local ou cloud |
| Pennylane | PME | Moderne, intuitive et accessible | Compatible avec CRM, facturation, API ouverte | 100% cloud |
| QuickBooks | TPE / PME | Interface simple et mobile | Intégration avec CRM, e-commerce, banques, etc. | Cloud |
| Axonaut | Petites PME | Interface conviviale, pensée pour les non-comptables | CRM intégré + outils externes (paiement, emailing...) | Cloud |
| Xero | PME internationales | Interface moderne et cloud | Nombreuses intégrations (plus de 800 apps tierces) | 100% cloud |
| Indy | Indépendants et petites entreprises | Ultra simplifiée, orientée non-comptables | Outils de facturation et gestion de projets inclus | Cloud |
| Cegid Quadra | PME structurées | Interface modulaire et complète | Modules Cegid (RH, Paie, Stocks...), ERP intégré | Cloud ou serveur local |
